明治七年柵町に創立。同二十年旧城内にこの校舎が新設された。戦災で焼失し、その跡に現在の水戸三高が移された。

戦後しばらくはあちこちの仮庁舎で市政を執っていたが、昭和三十年五月に建設費九千万円をかけてこの市庁舎がもとの場所、三の丸に再建された。以来、四十七年に現在の市役所が駅南に新築されるまで、ここが市政の中枢となった。